Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Yazarlar
- Danışmaz, Sibel(2)
- Dogan, Hulya(2)
- Doğan, Ramazan Özgür(2)
- Emir, Sümeyye Nur(2)
- Akar, Bülent(1)
- Ayvaz, Huseyin(1)
- Baltaci, Cemalettin(1)
- Bingöl, Özkan(1)
- Bolayır, Banu(1)
- Düzgün, Azer Özad(1)
- Gunes, Nurhan(1)
- Karabidak, Salih Mustafa(1)
- Karakullukçu, Volkan(1)
- Karpuz, Omer(1)
- Kaya, Ali(1)
- Kaya, Selim(1)
- Menevseoglu, Ahmed(1)
- Sarikaya, Sevim Beyza Ozturk(1)
- Zehiroğlu, Cuma(1)
- İri, Necla İrem Ölmezoğlu(1)
Yayınlar
- MakaleAçık Erişim2023Floresan Mikroskop Sistemlerinde Yüksek Doğruluklu Nükleer Segmentasyonu için Otomatik Kodlayıcı Tabanlı Modellerin Geliştirilmesi
Doğan, Ramazan Özgür; Dogan, Hulya; Emir, Sümeyye Nur; Danışmaz, Sibel
Mikroskobik sistemlerde doku veya hücre numunelerinde nükleer morfoloji veya biyolojik belirteçler gibi bölümleri görselleştirmek için hematoksilen ve eozin (Hematoxylin and eosin - H&E) histolojik boyamalar, immünohistokimyasal (immunohistovhemical - IHC) ve immünofloresan (immunofluorescence - IF) boyama yaklaşımları geliştirilmiştir. H&E veya IHC boyamalar ile karşılaştırıldığında, IF boyamaların sayısala aktarılması uzmanlar için daha zorlu ve zaman alıcı olmaktadır. Fakat, IF boyama yaklaşımlarında daha fazla hücresel veya hücre altı belirteç görüntülenebilmektedir. Floresan mikroskoplardan elde edilmiş nükleer segmentasyonunun yüksek doğrulukla otomatik gerçekleştirilmesi IF boyama yaklaşımlarındaki hücreler hakkında daha fazla bilgi elde edilmesini sağlamaktadır. Literatürde diğer mikroskobik sistemlerden elde edilmiş görüntülerde hücre veya doku segmentasyonu için birçok çalışma geliştirilmiş ve yüksek doğruluklu sonuçlar elde edilmiştir. Fakat diğer alanlarda gerçekleştirilen bu başarı, floresan mikroskoplardan elde edilmiş görüntülerdeki nükleer segmentasyonu için elde edilmemiştir. Bu kapsamda, çalışmada floresan mikroskop sistemlerinde nükleer segmentasyonu için yüksek doğruluklu otomatik kodlayıcı modelleri geliştirilmektedir. Geliştirilen otomatik kodlayıcı modellerinin analizi uzman kişiler tarafından işaretlenmiş, floresan mikroskop görüntülerinden oluşan veri seti kullanılarak gerçekleştirilmektedir. Çalışmada kullanılan performans değerlendirme prosedürleri açısından, gerçekleştirilen otomatik kodlayıcı modellerinin başarılarının otomatik nükleer segmentasyon için tatmin edici olduğu açıkça görülmektedir.
- MakaleAçık Erişim2023Odaklama derinliğinin artırılmasında derin özelliklerin odaklama değerlerinin çıkarılmasındaki etkilerinin incelenmesi
Doğan, Ramazan Özgür; Dogan, Hulya; Emir, Sümeyye Nur; Danışmaz, Sibel
Mikroskobik sistemlerde var olan odaklama derinliğinden dolayı numunenin tüm alanının odaklandığı görüntü elde etmek imkânsız olabilmektedir. Bu durum, mikroskobik sistemlerde görüntü işleme ve yapay zekâ algoritmaları kullanılarak gerçekleştirilen sınıflandırma, bölütleme, hizalama (registration), panoramik birleştirme (stitching) gibi uygulamalarının başarılarını olumsuz yönde etkilemektedir. Literatürde numunenin tüm alanının odaklandığı görüntü elde etmek için odaklama derinliğinin artırılması yaklaşımları geliştirilmektedir. Literatür çalışmaları, bu yaklaşımların, görüntülerdeki eğrilerin ve kenarların düşük kesinlikte karakterizasyonu, daha yüksek koşma süresi ve incelenen numuneye ve kullanılan mikroskoba göre performans değişimi gibi çeşitli kısıtlamalara sahip olduklarını ortaya koymaktadır. Ek olarak, bu yaklaşımlar odaklama bilgilerini genelde görüntülerin gri seviye değerlerini kullanarak hesaplamaktadırlar. Bu çalışmada bu kısıtlamaları minimize etmek için yeni bir odaklama derinliğinin artırılması yaklaşımı geliştirilmekte ve odaklama derinliğinin artırılmasında derin özelliklerin odaklama değerlerinin çıkarılmasındaki etkileri incelenmektedir. Çalışmada elde edilen sonuçlar derin özelliklerin piksellerin odaklama değerlerini hesaplamada gri seviye değerlerine göre daha etkin olduğunu göstermektedir.
AtıfOpenAlex1TR Dizin1
İncele - MakaleAçık Erişim2023İş sağlığı ve güvenliği risk faktörlerinin analitik hiyerarşi prosesi (ahp) yöntemi ile değerlendirilmesi: sağlık bilimleri fakültesi’nde bir uygulama
İri, Necla İrem Ölmezoğlu; Bolayır, Banu
Dünyada sanayileşme ve teknolojinin gelişmesiyle iş ortamlarında yaşanan kazalarının ve meslek hastalıklarının arttığı görülmektedir. Kaza riskinin yüksek olduğu çeşitli laboratuvarları bünyesinde bulunduran üniversitelerin Sağlık Bilimleri Fakülteleri de iş sağlığı ve güvenliği (İSG) açısından üzerinde durulması gereken önemli iş ortamlarıdır. Bu bağlamda çalışmanın amacı, yoğun öğrenci kapasitesi ile eğitim ve öğretim faaliyetlerinin gerçekleştirildiği aynı zamanda çok tehlikeli sınıf olarak kabul edilen kimya, beslenme, hemşirelik gibi laboratuvarları bünyesinde bulunduran Sağlık Bilimleri Fakültesi’ndeki İSG risk faktörlerini tespit ederek önem sırasını belirlemektir. Çalışmanın amacı doğrultusunda İSG alanında uzman 7 akademisyenden anket tekniği ile veriler elde edilmiştir. Bu veriler, Analitik Hiyerarşi Prosesi (AHP) yönteminin adımları takip edilerek analiz edilmiştir. Analizdeki hesaplamalarda Microsoft Excel programından yararlanılmıştır. Sağlık Bilimleri Fakültesi’nde İSG açısından en fazla risk laboratuvarlarda bulunmaktadır. Bunu sırasıyla; kazan dairesi, kantin, ortak kullanım alanları, arşiv/depo ve sığınaklar, ofis ve sınıflar takip etmektedir. Laboratuvarlarda kimyasal güvenlik sorunları, kazan dairesinde elektrik kablolarının açıkta durması, kantinde yangın, deprem ve elektrik kaçağı gibi acil durum tedbirlerinin alınmaması en önemli risk faktörü olarak tespit edilirken ortak kullanım alanlarında elektrik panosunun kapaklarının kapalı tutulmaması ve yalıtkan paspasların bulunmaması, sığınağın depo olarak kullanılması, ofis içerisinde dış ortam kaynaklı gürültünün rahatsız edici düzeyde olması, sınıflarda da termal konfor şartlarının sağlanamaması tespit edilen diğer önemli risk faktörleridir.
AtıfOpenAlex2TR Dizin2İncele - MakaleAçık Erişim2023Characterization, Antioxidant and Antimicrobial Activities of Iron Nanoparticles Synthesized Using Firethorn Fruit (Pyracantha coccinea Roemer) Extracts
Düzgün, Azer Özad; Baltaci, Cemalettin; Akar, Bülent; Karakullukçu, Volkan; Karpuz, Omer
The main focus of this study was to explore the biological activity of metal nanoparticles that were green-synthesized from firethorn fruits. Specifically, iron nanoparticles (Fe-NP) were synthesized from extracts obtained from fruits and seeds of the firethorn plant (Pyracantha coccinea) grown on Gumushane University’s campus for landscaping purposes. The antioxidant and antimicrobial properties of both extracts and synthesized iron nanoparticles were evaluated. To characterize the Fe-NPs, FT-IR spectroscopy, scanning electron microscopy (SEM), and X-Ray Diffraction (XRD) analyses were performed. The antioxidant activity of the fruit extracts and Fe-NPs was assessed using various antioxidant activity tests, including ABTS radical scavenging activity, DPPH radical scavenging activity, ferric reducing antioxidant power (FRAP), total phenolic content (TPC), total flavonoid content (TFC), and total antioxidant content (TAC). The results of all antioxidant activity tests indicated that the iron nanoparticles exhibited higher antioxidant activity than the fruit extracts. Moreover, the minimum inhibitory concentrations (MIC) of the fruit extracts and nanoparticles against Gram-negative bacteria (Yersinia pseudotuberculosis ATCC 911, Escherichia coli ATCC 25922, Proteus vulgaris ATCC 13315, and Pseudomonas aeruginosa ATCC 43288) and Gram-positive bacteria (Streptococcus pyogenes ATCC 19615, Staphylococcus aureus ATCC 25923, and Bacillus subtilis ATCC 6633) were determined the using the medium microdilution procedure. Similar to the antioxidant activity findings, the Fe-NPs demonstrated stronger antimicrobial activity compared to the fruit extracts.
AtıfTR Dizin1İncele - MakaleAçık Erişim2023Near- and Mid-Infrared Spectroscopy Combined with Machine Learning Algorithms to Determine Minerals and Antioxidant Activity in Commercial Cheese
Menevseoglu, Ahmed; Gunes, Nurhan; Ayvaz, Huseyin; Sarikaya, Sevim Beyza Ozturk; Zehiroğlu, Cuma
Erzincan Tulum Cheese (ETC) holds a significant place among the most popular cheeses in Türkiye. It has been awarded Protected Geographical Indication status, which restricts the allowable milk species, its production area, and specific sheep breed used in its production. Mineral content and antioxidant activity of ETC were aimed to be predicted using conventional FT-NIR and a portable FT-MIR spectrometer combined with partial least square regression (PLSR) and machine learning algorithms based on conditional entropy. Seventy ETC samples were analyzed for their mineral (Al, Ca, Cr, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, and P) content using ICP-MS. The samples' antioxidant activity was measured using the DPPH•+ scavenging activity method. PLSR combined with FT-NIR spectral data correlated with antioxidant activity (r=0.89) and minerals (as low as r=0.83) except for Cr and Fe. FT-MIR data provided a good correlation for minerals (as low as r=0.82) except for Cr and Mn and a moderate correlation with antioxidant activity (r=0.64). Information theory was applied to select wavenumbers used in machine learning algorithms, and better results were obtained compared to PLSR. Overall, FT-NIR and FT-MIR spectroscopy provided rapid (~ 1 min), non-destructive, sensitive, and reliable output for mineral and antioxidant activity predictions in commercial cheese samples.
AtıfOpenAlex3İncele - MakaleYalnız künye2016X ve Gama-Işını Dedektörlerinde Ölü Zaman Düzeltmesi İçin Bir Program
Bingöl, Özkan; Kaya, Selim; Karabidak, Salih Mustafa; Kaya, Ali
X ya da gama ışını detektörlerinin kullanıldığı spektrometrik kantitatif ve kalitatif analizlerinde, analizlerin doğruluğu için sayma kayıplarının belirlenmesi ve telafi edilmesi önemlidir. Spektrometrelerdeki bu sayma kayıpları uzatılan ve uzatılmayan sistem ölü zamanlarından meydana gelir. Bu çalışmada, bu kayıpları telafi etmek için bir bilgisayar program geliştirilmiştir. Programı test etmek için deneysel çalışmalar yapılmıştır. Program, DELPHI program derleyicisiyle kodlanmıştır. Program, ölü zaman düzeltme, özgün pik arama, özgün grafik modülü, yazılım arayüzü ve program sonucunu rapor halinde veren rapor modüllerden oluşmaktadır. Bu programda düzeltme yapılmamış veya düzeltme yapılmış spektrumları ayrı ayrı irdeleme imkânı sağlanmıştır