Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

• 3

• MakaleAçık Erişim2021/r/gumushane/14576
  Investigation of class 1 integrons with antibiotic resistance genes in multidrug-resistant acinetobacter baumannii strains and determination of plant extract effects on multidrug-resistant isolates

  Saral, Ayşegül; Cinemre, Sedanur; Okumuş, Funda; Akar, Zeynep; Çiçek, Ayşegül Çopur; Düzgün, Azer Özad

  This study aimed to investigate the presence of resistance genes in multidrug-resistant A. baumannii isolates as well as to determine the antibacterial activity of selected plant extracts against isolates. 41 strains were isolated from various clinical samples. PCR tests were performed using the primers. Methanol was used as solvent for the preparation of the plant extracts. MIC values of the plant extracts were determined by the broth microdilution method. The blaOXA-23, blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, blaGES genes and Class 1 integrons were detected in five isolated strains. The lowest MIC value (2.25 mg/mL) was determined for the Echinacea purpurea extract, while the highest MIC value (50 mg/mL) was determined for the Morus alba extract. Determination of the antibacterial effect of plants extracts used in the study against A. baumannii isolates shows the importance of screening the antibacterial activity of plants in the fight against antibiotic resistance.

  • 
  İncele
• MakaleAçık Erişim2020/r/gumushane/14895
  RP-HPLC-UV Analysis of the Phenolic Compounds, Antimicrobial Activity Against Multi-Drug Resistant Bacteria and Antioxidant Activity of Fruit and Seed of Diospyros lotus L.

  Akar, Zeynep; Karakurt, Aylin; Okumus, Funda; Cinemre, Sedanur; Duzgun, Azer Ozad; Akar, Bulent; Can, Zehra

  The object of the present study was to investigate the antioxidant, antimicrobial activity and phenolic compounds of fruit and seeds of Diospyros lotus L. The fruits consumed by humans as nutrients were harvested from the plants that grow naturally in the province of Trabzon-Akçaabat, Eastern Black Sea Region of Turkey. The antioxidant activities of fruit and seeds of Diospyros lotus were determined by using four methods (% DPPH radical scavenging activity, FRAP antioxidant power determination, CUPRAC reducing antioxidant activity and total phenolic content (TPC) in five different proportion of methanol-water extracts. All extracts of fruit and seeds of D. lotus analyzed through whole antioxidant analysis methods showed significant antioxidant activity. In addition, antimicrobial activity of fruit and seeds extracted with DMSO was determined against seven standard bacteria and three multi-drug resistance clinical strains. Although fruit extracts did not have the antimicrobial activity against bacteria, seeds showed antimicrobial effect to both standard strains (Gram-negative and Gram-positive) and antibiotic resistance clinical isolates (Klebsiella pneumoniae carrying blaKPC, Acinetobacter baumannii, harboring blaOXA-23 gene and resistance to colistin, and multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa). MICs’ value of plant seed extracts for standard strains was 0.75-25 mg/mL and antibiotic resistant clinical bacteria were 12.5 and 25 mg/mL. Additionally, phenolic compounds in methanol extracts of fruit and seeds were also determined in by HPLC using 19 standards. Gallic acid and chrysin phenolic compounds were the major phenolic compounds in fruit and seeds, respectively.

  • 
  İncele
• Yüksek Lisans TeziAçık Erişim2019/r/gumushane/20881
  Çoklu ilaç dirençli Acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnç genlerinin araştırılması ve bazı bitki özütlerinin izolatlar üzerine etkisinin belirlenmesi

  Sedanur Cinemre

  Günümüzde antibiyotiklerin yaygın kullanımı direncin artmasına, patojenik bakteriler arasında yayılmasına sebep olmuştur ve önemli bir problem haline gelmiştir. Bu patojenlerden olan çoklu-ilaç dirençli Acinetobacter baumannii'den kaynaklı enfeksiyonlar birçok ülkede tespit edilmiştir. Antibiyotik direnci bulunan izolatlarda dirence sebep olan moleküler mekanizmaların bulunmasına ve antibakteriyel ajan olabilecek sekonder metabolitleri bulunduran bitkilerin araştırılmasına yönelik çalışmalar literatürde bulunmaktadır. Bu çalışmada, çoklu-ilaç dirençli A. baumannii izolatlarında β-laktamaz direnç genleri ile sınıf 1 integronların varlığının araştırılmasının yanında Morus alba (Dut), Zingiber officinale (Zencefil), Vaccinium myrtillus (Yaban mersini-Ligarba), Rosa canina (Kuşburnu), Hypericum perforatum (Kantaron), Lycium barbarum (Goji bery), Aquilaria agallocha (Udu Hindi), Nigella sativa (Çörek otu), Echinacea purpurea (Ekinezya) özütlerinin bu izolatlara karşı minimum inhibisyon konsantrasyonlarının bulunması amaçlanmıştır. Rize Eğitim ve Araştırma Hastanesi yoğun bakım servisinde tedavi gören hastaların çeşitli klinik örneklerinden 41 A. baumannii izolatı izole edilmiştir. blaVIM, blaNDM, blaIMP, blaGES, blaCTXM-1, blaCTXM-2, blaOXA-58, blaOXA-23, blaOXA-51 ve sınıf 1 integrona ait primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonları gerçekleştirildi. Bitki özütlerinin hazırlanması için çözücü olarak metanol kullanıldı. Çoklu ilaç dirençli izolatlar arasından direnç profillerine göre 6 farklı izolat (AB38, AB43, AB45, AB46, AB59, AB69) seçildi. Bitki özütlerinin MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. 96 kuyucuklu plakalar üzerinde deneyler 3 tekrarlı olacak şekilde gerçekleştirildi. PZR sonuçlarına göre blaOXA-51 geni araştırılan izolatların hepsinde tespit edildi. İzolatların 38'inde blaOXA-23 geninin varlığı görüldü. blaCTXM-1 36 izolatta, blaCTXM-2 18 izolatta ve blaGES 1 izolatta tespit edildi. blaVIM, blaNDM, blaIMP ve blaOXA-58 genleri hiçbir izolatta belirlenemedi. Sınıf 1 integronların varlığı ise 34 izolatta görüldü. Bitki metanol özütlerinin antibakteriyel etkileri değerlendirildi ve tüm izolatlara karşı çörek otu özütünün MİK değeri 20 mg/ml olarak belirlendi. Goji bery özütü, AB38, AB43, AB46, AB59 izolatlarına karşı 35 mg/ml'lik MİK değerine sahip olduğu görüldü. Ayrıca, bu özütün MİK değerleri AB45 ve AB69'a karşı 17.5 mg/ml olarak bulundu. Kantaron özütünün MİK değeri, AB38, AB43, AB45 izolatlarına karşı 10 mg/ml olarak tespit edildi. Zencefil özütünün MİK değerleri AB38 ve AB45 izolatlarına karşı 30 mg/ml, AB46 ve AB59 izolatlarına karşı ise 15 mg/ml olarak belirlendi. Udu hindi ve yaban mersini özütlerinin test edilen konsantrasyonlarında kullanılan izolatlara karşı antibakteriyel etkisi tespit edilemedi. A. baumannii'de β-laktamaz kodlayan genlerin ve sınıf 1 integronların varlığının belirlenmesi, direnç genlerinin ve integronların antibiyotik direncinden sorumlu olmaya devam ettiklerini göstermektedir. Çalışmada kullanılan bitkilerin metanol özütlerinin A. baumannii izolatlarına karşı antibakteriyel etkilerinin belirlenmesi, bitki özütlerinin antibiyotik direnci ile mücadeledeki önemini açıklamak

  İncele
• MakaleAçık Erişim2019/r/gumushane/11809
  Determination of antibiotic resistance genes and virulence factors in Escherichia coli isolated from Turkish patients with urinary tract infection

  Özad Düzgün, Azer; Okumuş, Funda; Saral, Ayşegül; Çopur Çiçek, Ayşegül; Cinemre, Sedanur

  Introduction: Escherichia coli ranks among the most common sources of urinary tract infections (UTI). Methods: Between November 2015 and August 2016, 90 isolates of E. coli were isolated from patients at Rize Education and Research Hospital in Turkey. Antibiotic susceptibility was determined for all isolates using the Kirby-Bauer disk diffusion method. These E. coli isolates were also screened for virulence genes, β-lactamase coding genes, quinolone resistance genes, and class 1 integrons by PCR. Results: With respect to the antibiotic resistance profile, imipenem and meropenem were effective against 98% and 90% of isolates, respectively. A high percentage of the isolates showed resistance against β lactam/β lactamase inhibitor combinations, quinolones, and cephalosporins. PCR results revealed that 63% (57/90) of the strains carried class 1 integrons. In addition, a high predominance of extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) was observed. The qnrA, qnrB, and qnrS genes were found in 24 (26.6%), 6 (6.6%), and 3 (3.3%), isolates, respectively. The most common virulence gene was fim (82.2%).The afa, hly, and cnf1 genes were detected in 16.6%, 16.6%, and 3.3% of isolates, respectively. Moreover, we observed eleven different virulence patterns in the 90 E. coli isolates. The most prevalent pattern was fim, while hly-fim, afa-aer-cnf-fim, aer-cnf, afa-aer, and afacnf- fim patterns were less common. Conclusions: Most of the E. coli virulence genes investigated in this study were observed in E. coli isolates from UTI patients. Virulence genes are very important for the establishment and maintenance of infection.

  • 
  İncele