Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

• 1

• Yüksek Lisans TeziAçık Erişim2021/r/gumushane/21081
  Tam genom dizilemesi ile çoklu-ilaç dirençli Acinetobacter baumannii suşunun direnç ve virülans mekanizmalarının araştırılması

  Müberra Çimen

  Acinetobacter baumannii çoklu- ilaç dirençli fırsatçı hastane patojenlerinden biridir, hastane enfeksiyonlarının ana nedenidir ve çok çeşitli antibakteriyel maddelere karşı dirençli olması nedeniyle dünya çapında endişe oluşturmaktadır. Bu çalışmanın amacı, çoklu ilaca dirençli (ÇİD) Acinetobacter baumannii'nin sergilediği antimikrobiyal direnç ve virülans faktör genlerini belirlemek, biyofilm oluşumunu analiz etmek ve izolatın klonal alt tiplerini araştırmaktır. Bu çalışmada, Trabzon Fatih Devlet Hastanesi'nden A. baumannii suşu izole edilerek VITEK 2 Kompakt sistemi ile izolatın antibakteriyel duyarlılıkları tespit edildi. İzolatta βlaktamaz kodlayan genler ve sınıf 1 integronların varlığı PZR yöntemiyle araştırıldı. PZR sonucu pozitif örnek (blaOXA-23) pGEM-T easy vektörüne klonlanarak baz dizin analizine gönderildi ve sonuçlar biyoinformatik programlar kullanılarak analiz edildi. Tam genom dizilimi Illumina NovaSeq 6000 platformu ile yapıldı ve MLST analizi Oxford ve Pasteur tipleme şemaları kullanılarak değerlendirildi. VFDB database programı kullanılarak A. baumannii A73 suşunda var olan tüm virülans faktör genleri tanımlandı. İmipenem ve levofloksasin MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle tespit edildi. Biyofilm oluşumu ve biyofilm oluşumunun indüklenmesi imipenem ve levofloksasin (1/2, 1/4, 1/8*MİK) konsantrasyonlarında 96 kuyucuklu plakalarda 3 tekrarlı olarak gerçekleştirildi. İzolatın hareket etme yeteneği petri kabında üç tekrarlı olarak yapılıp, %0,2 kristal viyole ile görselleştirildi. Suşun antibiyotik duyarlılık testine göre; karbapenemlere, penisilinlere, aminoglikozidlere ve florokinolonlara karşı direnç göstermesiyle çoklu -ilaç dirençli (ÇİD) olarak tanımlandı. Tam genom dizileme sonucuna göre izolatın blaOXA-23, blaOXA-51, blaampC ve blaTEM beta- laktamaz genlerini taşıdığı belirlendi. blaOXA-51 benzeri genin dizisi biyoinformatik programlar ile değerlendirilerek, blaOXA-66 olduğu tespit edildi. Pasteur MLST şemasına göre suş, ST2 alelik profilini gösterdi. Oxford MLST şemasında kullanılan genlerden olan gdhB de bir nükleotit değişimi tespit edildi (G189A) ve gdhB-227 olarak adlandırıldı. Oluşan yeni varyant ve diğer MLST Oxford şeması genleri kullanılarak MLST analizi yapıldığında yeni ST klonu belirlendi. Oluşan yeni klon ST2121 olarak adlandırıldı. Ayrıca gyrA geninde bir amino asit değişikliği (Met638Leu) tespit edildi. Çoklu ilaca dirençli izolatın bap, basABCDFGHIJ, suA/BABCDE, bauABCDEF, plcD, pgaABCD, entE, barAB, ompA, abaIR, piT2EAFTE/AUBl, fimADT, cvaC, bfmR, bfmS virülans faktör genleri taşıdığı belirlendi. Çalışmamızda en yüksek biyofilm oluşumunu 32 µg/mL konsantrasyonda imipenem ve 16 µg/mL konsantrasyonda levofloksasin oluşturduğu gözlemlendi. Sonuç olarak, A. baumannii'de çoklu ilaç direncinin nedeni araştırıldı. Yeni bir STOxf, ST2121 klonu tespit edildi. Bu çalışma ile blaOXA-66 genini barındıran ST2Pas/ST2121 suşu Türkiye'de ilk kez A. baumannii'de bildirilmiştir

  İncele
• MakaleAçık Erişim2021/r/gumushane/14928
  Antibiotic induced biofilm formation of novel multidrug resistant Acinetobacter baumannii ST2121 clone

  Çimen, Müberra; Düzgün, Azer Özad

  The aim of this study was to identify antimicrobial resistance and virulence factor genes exhibited by multidrug resistant (MDR) Acinetobacter baumannii, to analyze biofilm formation and to investigate clonal subtypes of isolate. Whole genome sequencing was done by Illumina NovaSeq 6,000 platform and multilocus sequence typing (MLST) was performed by Oxford and Pasteur typing schemes. Influence of imipenem and levofloxacin on biofilm formation was investigated in 96-well plates at 3 replicates. The strain was found to carry OXA-23, OXA-51-like, AmpC and TEM-1 beta-lactamases. The sequence of the blaOXA-51-like gene has been identified as a blaOXA-66. According to Pasteur MLST scheme the strain displayed ST2 allelic profile. However, based on Oxford MLST scheme this strain represents the new ST2121, as the gdhB gene has a single allelic mutation namely, the gdhB-227. It was determined that MDR isolate carried bap, basABCDFGHIJ, csuA/BABCDE, bauABCDEF, plcD, pgaABCD, entE, barAB, ompA, abaIR, piT2EAFTE/AUBl, fimADT, cvaC, bfmR, bfmS virulence genes. In our study imipenem induced the highest biofilm formation at a concentration of 32 mg/ml and levofloxacin at a concentration of 16 mg/ml. In conclusion, we detected a new MDR A. baumannii ST2121 clone harboring blaOXA-66 gene that has been reported for the first time in Turkey.

  • 
  İncele