2026-10-23T16:06:07Zhttps://gumushane-rdlopen.rawdatalibrary.net/oai/request

oai:gumushane-rdlopen.rawdatalibrary.net:gumushane/218532026-10-22T11:46:03Zopenairedrivercom_gumushane_10000col_gumushane_10001

Trabzon Fatih Devlet hastanesinde izole edilen klebsiella pneumoniae genomunun biyoinformatik analiziBioinformatic analysis of klebsiella pneumoniae genome isolated in Trabzon Fatİh state hospitalŞeyma Nur TosunDr. Öğr. Üyesi Esma AkyıldızAntibioticsResistance genesInfectionsGenomeKlebsiella pneumoniaeAntibiyotiklerDirenç genleriEnfeksiyonlarGenomKlebsiella pneumoniaeSon yıllarda antimikrobiyal direnç küresel ölçekte hızlı bir şekilde artmakta ve bir ülkeden diğerine yayılmaktadır. Son 80 yılda antibiyotiklerin yaygın ve yanlış kullanımı antimikrobiyal direncin oluşmasına neden olmuştur. Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) ciddi enfeksiyonlara neden olan bir patojendir. K. pneumoniae kaynaklı en sık rastlanan enfeksiyon üriner sistem enfeksiyonlarıdır. K. pneumoniae yayılımı temel sağlık problemi haline gelmiştir. K. pneumoniae'nın sebep olduğu enfeksiyonlarda çoklu antibiyotik direnci nedeniyle tedavi seçeneklerinin kısıtlı olması enfeksiyonun yayılmasına ve ölüme yol açar. Bu yüzden K. pneumoniae izolatlarının genomik analizleri, direnç mekanizmalarının aydınlatılması ve etkili kontrol stratejilerinin geliştirilmesi açısından kritik bir öneme sahiptir. Bu tezde Trabzon Fatih Devlet Hastanesinden temin edilen K. pneumoniae K102 suşu kullanıldı. Suşun tüm genom dizilemesi (WGS) gerçekleştirildi ve antimikrobiyal dirençlilikle ilişkili kromozomal ve genetik elementler araştırıldı. K102 suşunun antibiogramı, EUCAST Fenotipik 2017 programı kullanılarak elde edildi. K. pneumoniae K102 suşunda; ampisilin, seftriakson, sefepim, ertapenem, meropenem, siprofloksasin, kolistin, trimetoprin, sefuroksim aksetil, piperasilin/tazobaktam, sefazolin, sefuroksim, sefoksitin ve seftazidime karşı dirençli; amikasin ve gentamisine duyarlı; tigesikline ise orta duyarlı bulundu. Ayrıca suşta metiltransferaz, kapsül, faj, pili, flagella, fimbria, beta-laktamaz ve virülans faktörleri genleri tespit edildi. Bu araştırmada suşun tüm genom analizi MLST analizi, PlasmidFinder 2.1, ISFinder, BRIG, PHAST, ResFinder 3.2 ve VFDB programları kullanılarak gerçekleştirildi.In recent years, antimicrobial resistance has been rapidly increasing on a global scale and is spreading from one country to another. The widespread and incorrect use of antibiotics in the last 80 years has led to the formation of antimicrobial resistance. Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) is a pathogen that causes serious infections. The most common infection caused by K. pneumoniae is urinary tract infections. The spread of K. pneumoniae has become a major health problem. The limited treatment options due to multiple antibiotic resistance in infections caused by K. pneumoniae lead to the spread of the infection and death. Therefore, genomic analyses of K. pneumoniae isolates are of critical importance for elucidating resistance mechanisms and developing effective control strategies. In this thesis, K. pneumoniae K102 strain obtained from Trabzon Fatih State Hospital used. Whole genome sequencing (WGS) of the strain was performed to investigate chromosomal and genetic elements associated with antimicrobial resistance. The antibiogram of the K102 strain was determined using the EUCAST Phenotypic 2017 criteria. The K. pneumoniae K102 strain was found to be resistant to ampicillin, ceftriaxone, cefepime, ertapenem, meropenem, ciprofloxacin, colistin, trimethoprim, cefuroxime axetil, piperacillin/tazobactam, cefazolin, cefuroxime, cefoxitin, and ceftazidime; susceptible to amikacin and gentamicin; and intermediately susceptible to tigecycline. Furthermore, genes encoding methyltransferases, capsules, phages, pili, flagella, fimbriae, beta-lactamases, and virulence factors were identified within the strain. Whole genome analysis was conducted using MLST analysis, PlasmidFinder 2.1, ISFinder, BRIG, PHAST, ResFinder 3.2, and VFDB tools.Gümüşhane University2026Master Thesishttps://rdlopen.rawdatalibrary.net/r/gumushane/21853trinfo:eu-repo/semantics/openAccessinfo:eu-repo/semantics/masterThesishttps://gumushane-rdlopen.rawdatalibrary.net/tr/items/gumushane/21853